De to etatenes primæroppgave er å utføre systematiske analyser av skipstrafikk for å avdekke ureglementert eller uønskede aktiviteter i havområder.

Årlig mottar analyseenheten rundt 100 oppdrag fra ulike myndigheter. Enheten utfører også internasjonale oppdrag for Interpol og andre myndigheter.

Analyseenheten er ikke en frittstående organisatorisk enhet, men et samarbeid mellom Fiskeridirektoratet og Kystverket. Den er lokalisert ved avdelingen for hav- og kystovervåkning i Vardø.

Målet er at det tverretatlige analysesamarbeidet skal gi synergier, slik at etatene kan løse sine samfunnsoppdrag mer effektivt.

Utover å løse oppdrag for Kystverket og Fiskeridirektoratet, samarbeider felles analyseenhet med blant annet Forsvarets Operative Hovedkvarter (FOH), Kystvakten, Toll- og avgiftsdirektoratet, Skattedirektoratet, Politiet, Kripos, Økokrim, Miljødirektoratet og Sjøfartsdirektoratet.