Mottaksplikten gjelder ikke dersom mottak av fartøy kan innebære en risiko for miljøet. Hensynet til miljøet kan for eksempel berettige avvisning av fartøy hvor det er en aktuell og sannsynlig miljøtrussel mot havneanleggene eller havnevirksomheten. Dette vil typisk være forhold ved fartøyet som gjør at det er sannsynlig med utslipp som vil utgjøre en fare for havnen. Det er dermed klart at havnen kan avvise skip dersom f.eks. oljesøl eller lignende utgjør en umiddelbar fare for selve havnen.
Bestemmelsen kan også brukes til å avvise fartøy på grunn av medvirkning til lokal luftforurensning i et nærmere angitt område. Dette har Lovavdelingen redegjort for i en uttalelse til havne- og farvannsloven 2009 § 39. Med lokal luftforurensning menes i denne sammenheng lokal luftforurensing som overskrider timegrenseverdiene i forurensningsforskriften § 7-6. Det primære virkemiddelet i havne- og farvannsloven når det gjelder å begrense luftforurensning, er imidlertid § 5.
Miljøbegrepet i mottakspliktbestemmelsen gjelder adgangen til å avvise fartøy av hensyn til å unngå miljøskade i havnen selv, for eksempel ved oljesøl og lignende. Dette innebærer at havnene ikke kan sette generelle krav om for eksempel bruk av landstrøm for å kunne anløpe havn. Havnene vil imidlertid kunne stimulere til bruk av landstrøm gjennom å benytte miljødifferensiering av vederlag og farvannsavgift som virkemiddel.
Mottaksplikten gjelder heller ikke dersom mottak av fartøyet kan innebære en risiko for sikkerheten. Dette innebærer at havnen kan nekte anløp av skip som kan medføre fare for skade på havnens infrastruktur eller personer som arbeider eller oppholder seg i havnen. Det er således fare for sikkerheten i selve havnen som kan begrunne avvisning.
Når det gjelder dårlige betalere, så dekker begrepet «sikkerhet» ikke «økonomisk sikkerhet» i forretningsforhold. Så mistanke om manglende betalingsevne eller –vilje vil som utgangspunkt ikke være grunn til avvisning. Havnen kan i stedet for eksempel kreve forhåndsbetaling. Dette er lov så lenge ordningen med forhåndsbetaling praktiseres på en ikke-diskriminerende måte.
Samferdselsdepartementet har gitt en tolkningsuttalelse om mulighetene for å avvise anløp av hensyn til miljø og sikkerhet. Uttalelsen finnes her.