Fartøyene som skal passere vil få tildelt tidspunkt for passering. Det betyr at de ankommer skipstunnelen når det er deres tur. Som igjen betyr at de må beregne tiden slik at de går inn når de skal, eller at de må vente på hensiktsmessig og sikkert område andre steder enn der fartøy ferdes. Slike ting finnes det regler og rutiner for.
Men det blir også lysregulert, som en ekstra sikkerhet for å vise når det er klart for passering i den retningen fartøyet går.
Overvåking er likevel svært viktig. Skipstunnelen, og innseilingene i begge ender, vil være overvåket døgnet rundt – hele året – fra Kystverkets sjøtrafikksentral. Det vil i praksis si at Kystverket til enhver tid har oversikt med sjøtrafikken i området, ned til eksakt posisjon.
Overvåkingen skjer ved hjelp av AIS og radarstasjoner, som plasseres slik at de fanger opp alle fartøy som beveger seg i området. I tillegg vil selve skipstunnelen ha en videoovervåkningssystem som gjør trafikklederne enda bedre i stand til å følge med – og som dermed gir ekstra sikkerhet.