Etter havne- og farvannsloven fra 2009 § 28 har Kystverket myndighet til å fatte vedtak i saker som har innvirkning på «Kystverkets anlegg», i praksis de statlige fiskerihavnene. Bestemmelsen er ikke videreført i ny lov. Stortinget har for øvrig vedtatt at de statlige fiskerihavnene skal overføres til fylkeskommunene etter nærmere avtale. Fiskerihavnene i Vestland, Rogaland, Agder, Telemark, Vestfold og Viken vil bli overført til fylkeskommunene fra årsskiftet.
Myndigheten etter havne- og farvannsloven til å behandle søknader om tillatelser til tiltak i tilknytning til fiskerihavnene, vil fra 1. januar 2020 derfor være kommunen.
Allerede gitte tillatelser fra Kystverket vil gjelde inntil de utløper.
Spørsmål vedrørende nye tillatelser, herunder fornyelse av eksisterende tillatelser, må fra årsskiftet av tas opp med kommunen. Dersom tiltaket berører de anleggene og arealene som fylkeskommunen har rettigheter til, må vedkommende som ønsker å etablere tiltaket, også sørge for privatrettslig samtykke fra fylkeskommunen. I tillegg kan tiltaket kreve tillatelse fra kommunen etter plan- og bygningsloven.
I forskrift om overgangsregler og om oppheving av forskrifter med hjemmel i havne- og farvannsloven fra 2009 er det gitt regler om hvilken lov søknader om tillatelse som kommer inn før 1. januar 2020 skal behandles etter, og hvilken myndighet som skal følge opp gitte tillatelser der myndigheten er endret ved overgang til ny havne- og farvannslov.